Năm Kiến Hưng thứ 7 (229), chính quyền Thục Hán công nhận Giao Châu thuộc về Đông Ngô, giải chức thứ sử của Khôi, đổi lãnh chức Thái thú Kiến Ninh, để ông đưa gia đình về bản quận. Về sau Lý Khôi dời nhà sang Hán Trung. Năm thứ 9 (231), ông mất. Con ông là Di được kế tự.
